Dai geni ai pathways – Functional Genomics with R (FunGR)

Programma del corso (FunGR)

“Dai geni ai pathways – Functional genomics with R” (R4BS)

Orari del corso:

La piattaforma online per gli esercizi di “riscaldamento” verrà aperta agli iscritti una settimana prima dell’inizio del corso. L’accesso è libero e disponibile 24 ore su 24.

Orari dei giorni d’aula: Sabato, dalle 10.00 alle 18.00; Domenica, dalle 9.30 alle 16.30. Chi avesse avuto problemi di installazione dei software richiesti durante la settimana precedente può arrivare sabato alle 9.00 per risolverli assieme ai docenti.
Pausa pranzo per entrambi i giorni: dalle 12:30 alle 13:30. Sarà disponibile un leggero catering a base di panini/tramezzini, acqua e bibite.

Programma:

1  – Contesto teorico delle analisi di arricchimento

  • analisi di over rappresentazione
  • statistiche dell’arricchimento
  • tavole di contingenza, frequenza e test di Fisher

2 – Database di riferimento

  • GO
  • KEGG
  • Reactome
  • MySigBD

3 – Gene Ontology

  • Il sistema gerarchico delle GO
  • I database Molecular Function / Biological Process / Cellular Components
  • Le annotazioni di GO: i termini
  • Utilizzo dei livelli e interrogazione dei database GO

4 – Arricchimento dinamico tramite valori di gene expression

  • Arricchimento per gruppi di geni espressi (gene set enrichment)
  • Il metodo GSEA – Gene Set Enrichment Analysis
  • Grafici di arricchimento – Enrichment Score & Running Sums
  • GSEA as a discovery tool

5 – Arricchimento pesato secondo l’impatto dei pathway coinvolti

  • Arricchimento in funzione della struttura gerarchica degli elementi di un pathway
  • Analisi di impatto
  • Metodo SPIA per l’analisi di impatto

6 – Principali pacchetti R per le analisi di over rapresentazione / arricchimento

7 – Viaualizzazione grafica dei risultati delle analisi di arricchimento

  • Istogrammi dinamici
  • Heatmaps
  • Dot plots
  • Tree  maps