Dai geni ai pathways – Functional Genomics with R (FunGR)

Programma del corso (FunGR)

“Dai geni ai pathways – Functional genomics with R” (FunGR)

Orari del corso:

La piattaforma online per gli esercizi di “riscaldamento” verrà aperta agli iscritti una settimana prima dell’inizio del corso. L’accesso è libero e disponibile 24 ore su 24.

Orari dei giorni d’aula: Sabato, dalle 10.00 alle 17.30; Domenica, dalle 9.30 alle 16.30. Chi avesse avuto problemi di installazione dei software richiesti durante la settimana precedente può arrivare sabato alle 9.00 per risolverli assieme ai docenti.
Pausa pranzo per entrambi i giorni: un’ora. Sarà disponibile un leggero catering a base di panini/tramezzini, acqua e bibite.

Programma:

Il seguente programma elenca gli argomenti che saranno trattati durante il corso, qui elencati non necessariamente nell’ordine con cui verranno esposti.

1  – Contesto teorico delle analisi di arricchimento

  • analisi di over rappresentazione e di functional class scoring
  • cenni di statistica dell’arricchimento
  • tavole di contingenza, frequenza e test di Fisher
  • cenni di analisi di Impatto e cross-talk tra pathways

2 – Database di riferimento

  • GO
  • KEGG
  • Reactome
  • MySigBD

3 – Gene Ontology

  • Il sistema gerarchico delle GO
  • I database Molecular Function / Biological Process / Cellular Components
  • Le annotazioni di GO: i termini
  • Utilizzo dei livelli e interrogazione dei database GO

4 – Arricchimento dinamico tramite valori di gene expression

  • Arricchimento per gruppi di geni espressi (gene set enrichment)
  • Il metodo GSEA – Gene Set Enrichment Analysis
  • Grafici di arricchimento – Enrichment Score & Running Sums
  • GSEA as a discovery tool (custom GSEA)

5 – Arricchimento pesato secondo l’impatto dei pathway coinvolti

  • Arricchimento in funzione della struttura gerarchica degli elementi di un pathway
  • Cenni di analisi di impatto e illustrazione del metodo SPIA per l’analisi di impatto

6 – Principali pacchetti R per le analisi di over rapresentazione / arricchimento

7 – Principali applicazioni web (siti web) per le analisi di over rapresentazione / arricchimento. Trucchi e consigli di utilizzo.

8 – Visualizzazione grafica dei risultati delle analisi di arricchimento

  • Istogrammi
  • Dot and Bubble plots
  • Tree  maps
  • Running sums and GSEA barcodes
  • Cosa è meglio plottare? Quali informazioni sono utili?