Nuovi corsi nel 2018

Nel corso del prossimo anno, 2018, verranno attivati altri corsi con la formula on-line+aula. Occorrerà attendere i primi mesi del 2018 per conoscerne i dettagli e la programmazione, qui di seguito una breve descrizione per ogni corso in via di attivazione.

Functional Genomics / Functional Analyses

2 settimane on-line + 2 giorni in aula

Corso base di analisi funzionale dei dati biologici. Verranno affrontati alcuni casi pratici di analisi funzionale a valle, dalle più tradizionali analisi di arricchimento di termini biologici (GO, Gene Ontology) a quelle più avanzate mediante l’utilizzo di criteri quantitativi (GSEA) o topologici (Impact Analysis).
Si utilizzeranno strumenti diversi come pacchetti di R/Bioconductor, software stand-alone (GSEA, Cytoscape) e applicazioni web per fornire un quadro esaustivo delle analisi a disposizione del biologo per dare un senso biologico/biochimico a liste di geni, proteine, alle signatures di features ottenute dalle analisi di screening a monte.
Non è richiesta alcuna conoscenza bioinformatica, ma una conoscenza di base del dominio biologico, molecolare e una buona capacità di orientarsi tra le cartelle e i files di un qualsiasi sistema operativo, così come la capacità di installare in autonomia software sul proprio computer.

Basic NGS / RNA sequencing

2 settimane on-line + 2/3 giorni in aula

Corso base di analisi next genertion sequencing, con particolare riferimento alla trascrittomica (RNAseq). Verranno affrontati tutti i principali paradigmi dell’analisi primaria/secondaria e terziaria comuni ai vari protocolli di NGS. Attraverso una pipeline completa di analisi di RNAseq si passeranno in rassegna tutti i principali formati di files e metodi per operare il controllo qualità e mappare le reads sul genoma di riferimento, quantificare le reads stesse e operare una selezione di espressione differenziale.
Si utilizzerà l’interfaccia Galaxy per alcuni passaggi di analisi ma si farà anche riferimento a software singoli e alla linea di comando Linux; si utilizzerà noltre R e RStudio per l’esecuzione di alcuni scripts.
Non è necessaria una precedente esperienza di tipo bioinformatico: questo corso ha lo scopo di accorciare il divario tra il biologo/medico/ricercatore e il bioinformatico fornendo le basi pratiche di comprensione e il vocabolario corretto relativo al mondo delle analisi NGS.

Scientific Presentations

1 settimana on-line + 2 giorni in aula

Corso di tecniche di Storytelling e Data-Display. Presentare i dati scientifici nel modo corretto diventa ogni giorno sempre più importante, sia per iscritto che oralmente. Il corso si propone di introdurre i ricercatori, medici o clinici (ma non solo) alle tecniche di storytelling e data display. Verranno affrontati alcuni case studies specifici e verranno provate alcune tecniche specifiche attualmente usate dagli sceneggiatori hollywoodiani per la strutturazione di una presentazione scientifica; in parallelo si affronteranno – sia analogicamente che digitalmente – dei metodi di riordino e pulizia dei dati presentati. I partecipanti verranno coinvolti lungo i due giorni di corso live nella decostruzione e costruzione di un pitch scientifico.
Non è necessaria esperienza specifica precedente, ma solo il proprio computer munito di software di presentazione (PowerPoint o simili) e possibilmente una propria presentazione fatta in passato.

Build your own Data Cloud

2 settimane on-line + 2 giorni in aula

Corso base di personal-server setup. L’analisi dei dati di sequenziamento del DNA o RNA necessità di capacità di calcolo e di storage che in genere non sono disponibili sul proprio computer locale. Questo corso ha come scopo mostrare le procedure di preparazione, installazione e utilizzo di una istanza Galaxy personale, sia sul cloud dei server AWS (Amazon Web Server) che su un proprio server locale (anche il proprio computer).
Non è necessaria esperienza pregressa di IT o informatica, il corso si rivolge a chi ha probabilmente già analizzato dati di sequenziamento sulle piattaforme cloud (Galaxy, BaseSpace, Genepattern) ma mecessità di maggiore libertà, autonomia e privacy nella gestione dei propri dati.