Dai geni ai pathways – Functional Genomics with R (FunGR)

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Dai geni ai pathways (corso FunGR).

Due giorni intensivi per imparare i principali metodi e strumenti per analizzare il contesto biologico delle genes/proteins signatures ottenute da esperimenti omici. Tratteremo sia dal punto di vista teorico sia pratico le tecniche di arricchimento delle ontologie (GO, gene ontology), Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), Pathway Impact analysis.

Per seguire al meglio questo corso è consigliata la conoscenza di alcune nozioni di base di R:
i) Conoscere i concetti base di R: vettore, lista e data.frame (strutture dati)
ii) Conoscere la forma base del comando di assegnazione ad una variabile/oggetto:   oggetto <- comando(input)
ii) Conoscere, anche superficialmente, il software RStudio
iii) saper installare nuovi pacchetti con il comando install.packages()
NB: tutti questi argomenti verranno introdotti e ripresi nel materiale online disponibile ai soli iscritti al corso durante la settimana precedente alla data di inizio corso.

I partecipanti potranno quindi affrontare in autonomia le basi di R sulla piattaforma web durante le settimane precedenti al corso: richiameremo questi concetti anche in aula all’inizio del corso. Serve inoltre una normale familiarità con il computer e una forte volontà di acquisire nuovi metodi.

Per chi non conosce R ma vuole tirare fuori la massima utilità da questo corso: offriamo il corso “Intro2R” (vedi qui i dettagli) che introduce all’uso di R e fornisce tutte le conoscenze per affrontare agevolmente qualsiasi altro corso basato su R (i nostri come quelli degli altri). Il corso “Intro2R” viene proposto più volte all’anno: chi acquista il corso “Intro2R” ha diritto al 10% di sconto sull’acquisto dei corsi “FunGR – Dai geni ai pathways” (questo) e “R4BS – Statistica con R” (previsto per ottobre 2019). NB:per usufruire dello sconto l’iscrizione ai corsi deve essere richiesta contestualmente

Cosa imparerai

  • Arricchimenti funzionali con GO: come estrarre informazioni biologicamente rilevanti da una lista di geni usando i database GO (Gene Ontology) di Molecular Function (MF), Biological Processes (BP) e Cellular Components (CC).
  • GSEA: gene set enrichment analysis per la contestualizzazione quantitativa delle genes signatures e per la genesi di nuove ipotesi di lavoro
  • Impact analysis: analisi di impatto per l’arricchimento di pathway tenendo in considerazione il peso della struttura gerarchica dei pathway stessi
  • Overview di pacchetti R: carrellata (e utilizzo di alcuni) pacchetti R per l’analisi con i database GO, KEGG, Reactome e simili
  • Plotting: metodi avanzati di visualizzazione per la comunicazione dei risultati di analisi e per la produzione di publish-grade pictures

A chi è rivolto questo corso

Questo è un corso introduttivo per BIOLOGI, CLINICI, TECNICI e PROFESSIONISTI delle bioscienze che NON hanno un background di analisi dati ma che necessitano di utilizzare metodi di analisi funzionale ai propri dati prodotti con metodi quali RTqPCR, microarrays, sequenziamento NGS. Questo corso non solo fornirà una serie di strumenti pratici con cui FARE le analisi ma anche un METODO concettuale con cui affrontare al meglio la complessità biologica del contesto in cui i prori dati devono essere posti. Durante il corso verranno utilizzati e mostrati diversi software open-source; una conoscenza di “R” non è strettamente necessaria ma sicuramente può aiutare (per chi non avesse conoscenze di R pregresse l’accesso alla piattaforma on-line nella settimana antecedente ai giorni d’aula fornirà utili informazioni).

Come è organizzato il corso

Il corso si divide in due parti:

  • Prima parte, una fase preparatoria da eseguire in autonomia e con il proprio ritmo nella settimana precedente al corso d’aula. L’utente leggerà e approfondirà il materiale, i video ed eventuali tutorial sulla piattaforma web del corso.
  • Seconda parte, la sessione d’aula di due giorni durante un weekend (due giorni pieni, sabato-domenica) per un massimo di 25 partecipanti.

Il corso è un mix di teoria e di pratica: i partecipanti devono portare alla sessione d’aula il proprio computer portatile.
Pranzi e coffee-breaks durante i 2 giorni d’aula sono inclusi. NON sono incluse spese di viaggio ed alloggio.

Per il programma dettagliato si veda il tab “Curriculum” all’inizio di questa pagina.

Le pre-registrazioni sono aperte: è possibile assicurarsi un posto prima del pagamento.

Il corso è stato attivato e si terrà durante il fine settimana del 8 e 9 Giugno 2019 (sabato e domenica).
Orari.  Sabato: 10.00 – 17.30. Domenica: 9.30 – 16.30.

Le due giornate di aula sono precedute da una settimana di accesso alla piattaforma on-line per la preparazione individuale. Gli iscritti avranno automaticamente accesso (dal tab “Curriculum”) a tale contenuto la settimana precedente i giorni d’aula.

Occorre portare il proprio computer portatile: nella pagina “Prima dei Corsi” potete trovare alcuni consigli e i requisiti minimi del computer.

Clicca qui per le indicazioni logistiche su come raggiungere la sede del corso, vitto e alloggi.

Procedura di iscrizione

1) Attivate un account gratuito alla piattaforma (registratevi al sito) cliccando su Account/Sign-up e seguendo le istruzioni.
2) Dopo aver fatto il login con il vostro user-id e password tornate su questa pagina del corso
3) Cliccate sul tasto “Buy this course” e nella pagina successiva su “Place the order”. Questa procedura funge da pre-registrazione, vi assicura il posto e NON richiede il pagamento. Riceverete delle email automatiche di conferma. Nella casella “Additional Information” scrivete le vostre richieste particolari, come ad esempio se avete diritto ad uno sconto (se vi iscrivete con un vostro collega, se avete partecipato al corso Intro2R), o qualsiasi altra vostra richiesta.
4) Attendete una ulteriore comunicazione via email da parte nostra con le indicazioni su come effettuare il pagamento che dovrà essere fatto esclusivamente via bonifico bancario (anche online). L’iscrizione si ritiene finalizzata a pagamento avvenuto.

Riserva il tuo posto al corso già oggi cliccando il tasto “Buy this course” più sotto.
Il corso è tenuto in italiano, il materiale fornito è in lingua inglese. Se hai difficoltà o richieste particolari scrivi a info@infobiology.eu

Costo del corso:

280 euro + IVA (341,60 euro IVA inclusa)

Sconti previsti:

  • Tariffa bundle: sconto 10% agli iscritti 2019 al corso “Intro2R in una delle sessioni organizzate da Infobiology.
  • sconti per gruppi di colleghi (stessa affiliazione/dipartimento/azienda; almeno 2 colleghi): sconto 10% sul costo totale (sconto cumulabile con la tariffa bundle!).

Il costo comprende il corso di due giorni d’aula, l’accesso e il materiale della piattaforma online, catering per i pranzi di sabato e domenica e piccola cancelleria. Gli istitituti e/o enti pubblici che sono IVA esenti possono farlo presente in fase di perfezionamento dell’iscrizione/pagamento.  Per richieste particolari scrivere a info@infobiology.eu

Instructor

Riccardo L. Rossi Riccardo L. Rossi

Riccardo Lorenzo Rossi si è laureato in Scienze Biologiche presso l'Università degli Studi di Milano e ha conseguito un dottorato in Biotecnologie Industriali all'Università di Milano-Bicocca. Ha 20 anni di esperienza in ricerca in Italia e negli Stati Uniti, prima come biologo molecolare e biochimico, successivamente come analista bioinformatico. Da 10 anni lavora come staff scientist presso l'Istituto Nazionale di Genetica Molecolare (INGM) di Milano, e si è occupato di microRNA, genomica, trascrittomica, analisi dell'esoma e analisi funzionali.
341,60€