Dai geni ai pathways – Functional Genomics with R (FunGR)

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Dai geni ai pathways.

Due giorni intensivi per imparare tutti i principali metodi e strumenti per analizzare il contesto biologico delle genes/proteins signatures ottenute da esperimenti omici.

Vengono trattati sia dal punto di vista teorico sia pratico le tecniche di arricchimento delle ontologie (GO, gene ontology), Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), Pathway Impact analysis. Non vi è bisogno di alcuna conoscenza pregressa per seguire questo corso, serve soltanto una giusta familiarità con il computer e una forte volontà di acquisire nuovi metodi. Può aiutare una conoscenza base del linguaggio R ma non è strettamente necessario, in quanto non verrà utilizzato soltanto R. Le basi di R verranno comunque affrontate nelle due settimane online del corso sulla piattaforma web e verranno richiamate in aula all’inizio del corso.

Cosa imparerai

  • Annotations & DBqueries: i principali database e pacchetti di annotazione genomica
  • Arricchimenti funzionali con GO: come estrarre informazioni biologicamente rilevanti da una lista di geni usando i database GO (Gene Ontology) di Molecular Function (MF), Biological Processes (BP) e Cellular Components (CC).
  • GSEA: gene set enrichment analysis per la contestualizzazione quantitativa delle genes signatures e per la genesi di nuove ipotesi di lavoro
  • Impact analysis: analisi di impatto per l’arricchimento di pathway tenendo in considerazione il peso della struttura gerarchica dei pathway stessi
  • Specific R Packages: carrellata (e utilizzo di alcuni) pacchetti R per l’analisi con i database GO, KEGG, Reactome e simili
  • Plotting: metodi avanzati di visualizzazione per la comunicazione dei risultati di analisi e per la produzione di publish-grade pictures

A chi è rivolto questo corso

Questo è un corso introduttivo per BIOLOGI, CLINICI, TECNICI e PROFESSIONISTI delle bioscienze che NON hanno un background di analisi dati ma che necessitano di utilizzare metodi di analisi funzionale ai propri dati prodotti con metodi quali RTqPCR, microarrays, sequenziamento NGS. Questo corso non solo fornirà una serie di strumenti pratici con cui FARE le analisi ma anche un METODO concettuale con cui affrontare al meglio la complessità biologica del contesto in cui i prori dati devono essere posti.

Come è organizzato il corso

Il corso si divide in due parti:

  • Prima parte, una fase preparatoria da eseguire in autonomia e con il proprio ritmo nelle due settimane precedenti al corso d’aula. L’utente è tenuto a leggere, studiare e seguire il materiale, i video ed eventuali tutorial sulla piattaforma web del corso.
  • Seconda parte, la sessione d’aula di due giorni durante un weekend (due giorni pieni, sabato-domenica) per un massimo di 25 partecipanti.

Il corso è un mix di teoria e di pratica: i partecipanti devono portare alla sessione d’aula il proprio computer portatile.
Pranzi e coffee-breaks durante i 2 giorni d’aula sono inclusi. NON sono incluse spese di viaggio ed alloggio.

E’ già possibile preregistrarsi al corso (con il tasto “Buy now” più sotto). Il corso verrà attivato al raggiungimento del numero minimo di iscritti (12) e si terrà durante il fine settimana del 24 e 25 Novembre 2018 (sabato e domenica).

Riservati un posto per quando il corso verrà attivato: la pre-registrazione non è vicolante e non è richiesto alcun pagamento fino alla conferma dell’attivazione del corso stesso.

Per il programma preliminare del corso si veda il tab “Curriculum” in questa pagina.

Tutti i prezzi dei corsi sono indicati IVA esclusa. Sale price (190 invece di 250 euro) per le prime 10 iscrizioni (fa fede la data di pre-iscrizione).

Instructor

Infobio Infobio

250,00€ 190,00€